یکی از بخش‌های شاخص این کارخانه، سامانه تشخیص‌دهنده‌ی سمیت فاضلاب ورودی است که در نقطه اتصال فاضلاب کاشان به تأسیسات کارخانه نصب شده است. این سیستم، با تکیه بر زیست‌فناوری و استفاده از باکتری‌های نورافشان (بیولومینانس)، کیفیت فاضلاب ورودی را به‌صورت لحظه‌ای پایش می‌کند.

سازوکار عملکرد این سامانه بر پایه واکنش زیستی این باکتری‌ها طراحی شده است. در حالت طبیعی، باکتری‌های نورافشان آنزیمی به نام «لوسیفراز» تولید می‌کنند که باعث تابش نور از آن‌ها می‌شود. در صورتی که آب ورودی فاقد ترکیبات سمی باشد، نور باکتری‌ها پایدار باقی می‌ماند. اما در صورت وجود فلزات سنگین یا آلودگی‌های غیرمعمول مانند خوناب یا پسماندهای صنعتی، متابولیسم باکتری‌ها مختل شده و نور آن‌ها خاموش می‌شود. این خاموشی به‌عنوان یک سیگنال هشدار زیستی به دستگاه منتقل می‌شود و با تغییر جریان ورودی مانع از ورود فاضلاب آلوده به مراحل بعدی تصفیه می‌شود.

این سامانه حفاظتی نه‌تنها از آسیب به میکروارگانیسم‌های فعال در فرآیند تصفیه جلوگیری می‌کند، بلکه تضمین می‌نماید که هیچ املاح ناسازگاری به تصفیه‌خانه وارد نشود، چرا که این کارخانه تنها برای تصفیه فاضلاب طراحی شده است و ورود هر عنصر دیگری می‌تواند عملکرد آن را مختل کند. بهره‌گیری از این فناوری بخشی از راهبرد کلان فولاد کویر در راستای توسعه پایدار، مدیریت منابع و نوآوری در صنعت است.